微生物肥料最主要的作用就是里面所含的活性菌，其核心是有效功能活菌数，即“有工作能力”的“活体”菌种数量，而不是一般的含有多少菌数。菌肥有菌不一定是好肥，必须要保障施入土壤中是活性的，才能发挥菌肥的作用。菌肥一般正常条件下有效期最多为两年，所以，在使用过程中必须注意以下六点。 1、选择质量合格，在保质期内的产品，不可以贪图小便宜选择过期产品，一般超过两年的生物菌肥要慎重选择； 2、根据菌种特性，选择使用方法。基肥可选撒施、沟施、穴施，穴施效果最佳；不建议冲施，但可以灌根，主要针对液体生物菌肥； 3尽量减少微生物死亡；施用过程中应避免阳光直射，蘸根时加水要适量，使根系完全吸收，且要及时定植，不可以农药、化肥混合施用； 4、施用后要为生物菌提供良好的繁殖环境，菌肥中的菌种只有经过大量繁殖，在土壤中形成规模后才能有效体现出菌肥的功能，为了让菌种尽快繁殖，就要给其提供合适的环境； 5、使用生物菌肥必须投入充足有机肥，有机质是微生物的主要能源，配合有机肥施用，不但可以加快有机肥的腐熟速度，而且有机质分解还能供应微生物养分； 6、生物菌不宜与氮磷钾大量元素肥料共同使用，生物菌适合与有机质共同使用，但是与氮磷钾等复合肥料共用，能杀死部分微生物菌，降低肥效。