1. 有机肥
以植物和（或）动物残体为主要原料，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。
2. 无机肥
无机肥为矿质肥料，是指用化学合成方法生产的肥料，也叫化学肥料，简称化肥。无机肥包括氮、磷、钾、复合肥等。它具有成分单纯，含有效成分高，易溶于水，分解快，易被根系吸收等特点，故称“速效性肥料”。
3. 生物菌肥
生物菌肥是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。微生物肥料中有益微生物的种类、生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其它肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和多少为基础。正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土着微生物排斥作用都有一定影响。
首先，注意施用时间
有机肥见效慢，应提早施用，一般在播前或定植之前一次性底施，使用之前最好进行腐熟，后期追施效果就不如作底肥明显。
化肥见效快，作基肥时提前一周左右施入，追肥时应在作物营养临界期或吸收营养高峰期前施入，以满足其所需。
生物菌肥在土壤中经大量繁殖后才能发挥以菌抑菌的作用，故要在定植前提早施入，使其有繁殖壮大的时间，可随有机肥一起施入土壤，也可在定植之前或定植时穴施。
其次，注意施用方法
有机肥主要作用是改良土壤，同时提供养分，一般作为基肥施入土壤，所以要结合深耕，使土壤与有机肥完全混匀，以 达到改善土壤的目的，土壤问题严重时还可配合使用酸碱乘除微生物菌剂，可更好的改善土壤环境，均衡营养，增加土壤团粒结构等。
基肥中，因有机肥中的养分以氮为主，与有机肥搭配的氮肥可少施，可用30%作底肥，70%作追肥。磷肥和钾肥可作底肥一次性施入，磷肥因移动性差，后期追施效果很差，所以磷肥应作底肥施入土壤。
追施的化肥最好用全溶性速效肥为主，如磷钾源库等，这样的肥料分解后可被蔬菜迅速吸收，对土壤影响较小。生物菌肥因其用量少可集中施在定植穴内或随有机肥底施。后期可多次追施同一种生物菌肥，以壮大菌群，以提高解磷解钾能力和防病效果。
再次，注意施用量
不同作物不同生育期，所需肥量不同，不能多施也不能少施。应根据作物的不同需肥比例进行施肥，同时还要注意，土壤中营养元素的含量，全盘考虑。
