1、提高土壤有机质。土壤有机质对养料供应的贡献土壤有机质矿化的同时也释放出各种微量养分元素。
2、增加土壤养分。有机肥料含有作物生长必需的营养成分，且所含养分各有特点，如：粪尿类含氮、磷较丰富。
3、有机肥有利于土壤新陈代谢。绿色植物制造有机物质所利用的CO2，主要来自土壤，有机肥分解产生的CO2又是土壤中CO2的重要来源。施用有机肥增加了土壤CO2的释放能力，提供了丰富的能被植物直接吸收利用的CO2养分，从而提高了作物的光合效率，增加产量。
4、有机肥增强作物的抗逆性。有机肥含有生物物质、抗生素等，能增强作物的抗逆性和对不良环境的适应能力。
5、抗病抗倒伏。
6、有机肥具有吸热、松土、保水功能，有利于种子葫发和根系生长有机肥颜色深，容易吸热、增温，加之有机肥料在分解过程中也会释放出一定热量，因此施用有机肥有利于提高土壤温度。
